Joaquim Fernandes, cofundador do Centro Transdisciplinar de Estudos da Consciência, (CTEC), da Universidade Fernando Pessoa, doutorou-se em História com uma tese sobre “O Imaginário Extraterrestre na Cultura Portuguesa – do fim da Modernidade até meados do século XIX”, apresentada à Faculdade de Letras da Universidade do Porto, a primeira da sua temática numa Academia portuguesa e europeia e editada sob o título “Moradas Celestes” (ed. Âncora Editora, 2014).
Interessa-se particularmente pela antropologia religiosa comparada, com destaque para os fenómenos da religiosidade popular e da espiritualidade, mitos e cosmologias, e o debate entre ciência e religião.
É membro de vários organismos internacionais e coordenador internacional do “MARIAN Project que estuda as dimensões culturais e científicas dos fenómenos religiosos e aparicionais, como Fátima, tema a que dedicou várias obras, em coautoria com Fina d’Armada, igualmente traduzidas para inglês, castelhano, italiano e francês.
Desde 1997 que tem promovido a realização de vários congressos internacionais subordinados ao título genérico de “Fronteiras da Ciência”, na Universidade Fernando Pessoa. Colaborou na organização da conferência “Ciência e Consciência” integrada no programa do “Porto 2001, Capital Europeia da Cultura”.
Em 2008 publicou o seu primeiro romance histórico, “O Cavaleiro da Ilha do Corvo”, a que se seguiram os ensaios ”O Grande Livro dos Portugueses Esquecidos”, “”Mundos, Mitos e medos – O Céu na Poesia Portuguesa” com a chancela da Temas&Debates/Círculo de Leitores.
Em 2010 escreveu em coautoria o guião do telefilme “A Noite do Fim do Mundo”, que retrata as reações em Portugal à aproximação do Cometa Halley, em 1910, integrado no ciclo dedicado ao Centenário da República Portuguesa programado pela RTP1.
Para a RTP2 coordenou a série temática “Encontros Imediatos”, dedicada ao fenómeno OVNI em Portugal.
Foi autor do guião e da apresentação do documentário “As Faces de Fátima”, produzido para o Canal História em 2017 e sobre o mesmo tema coordenou, com o historiador Joel Cleto, a série de seis episódios “Conversas do Centenário” para o Porto Canal.
Em 2014 foi consultor histórico da série “Mulheres de Abril”, de Henrique Oliveira para a RTP1 e publicou o seu segundo romance histórico “As Curandeiras Chinesas. Um motim que abalou a I República” (ed. Gradiva). Publicou em 2015 a obra “História Prodigiosa de Portugal. Mitos & Maravilhas”, sequela da linha de investigação da obra “História Prodigiosa de Portugal. Mitos & Maravilhas” (Quidnovi, 2012). Seguiram-se, em 2016, as obras “Portugal Insólito” (2016) e, em 2018, “Ficheiros Secretos à Portuguesa”, ambos na editora Manuscrito. Em 2019 co-editou a antologia “Fátima: mais além da Fé” (Porto, Bookcover), o primeiro grande estudo multidisciplinar internacional sobre o fenómeno das “aparições” de Fátima e um novo volume sobre “Portugal. Uma história de prodígios” ( Book Cover) Em 2021 publicou a obra “Apocalipses” (Lisboa, Contraponto) e outro ensaio sobre a temática “mariana”, intitulada “As Outras Fátimas” ( Lisboa, Manuscrito).
Está biografado no Dicionário das Personalidades Portuenses do século XX” (Porto Editora, 2001).